《方案》要求，各地要全面实施总量控制制度。要实施区域、行业主要污染物排放总量控制制度。对电力、钢铁、水泥、造纸、印染、畜禽养殖、机动车等行业(领域)实施主要污染物排放总量控制;要健全建设项目环境影响评价总量前置审核制;要实施能源消费总量控制。在珠江三角洲地区试点建立煤炭消费总量控制制度，新上燃煤项目试点实施煤炭总量平衡和等量替代、减量替代制度。“十二五”期间广东省新增电煤控制在4000万吨标准煤以内。

提高水污染物排放标准，实施工业企业水污染深度治理工程。从2012年9月1日起，珠江三角洲地区电镀、制浆造纸、合成革与人造革、制糖行业的化学需氧量与氨氮排放，分别执行《电镀污染物排放标准》(GB21900—2008)、《制浆造纸工业水污染物排放标准》(GB3544—2008)、《合成革与人造革工业污染物排放标准》(GB21902—2008)、《制糖工业水污染物排放标准》(GB21909—2008)中水污染物特别排放限值;推进造纸、印染、化工、制革等行业深度治理;严格实施清洁生产审核，对超标超总量排放企业实施强制性清洁生产。